Sua história e a do terreno que a envolve estariam ligados aos jesuítas, aos Bandeirantes e pode remontar à Fundação da Vila de Piratininga por Martim Afonso de Sousa, em 1532, como indica o mapa elaborado por Wilson Maia Fina no livro "O Chão de Piratininga".  Está à margem de um antigo caminho transcontinental que vai do oceano Atlântico ao Peru, Equador e ao oceano Pacífico. Atrás da Capela corria um ribeiro.  A área que hoje abriga a Academia da Polícia Militar está apontada no mapa de Wilson Maia Fina como sendo propriedade de João Maciel em 1595 e o local da Capela de São Sebastião, terras de Antonio Nunes, propriedade também seiscentista. Houve em época remota um desmembramento, havendo notícia da existência de uma Fazenda Barro Branco na região. Toda a região norte fazia parte da Fazenda Santana da Companhia de Jesus de Santo Inácio de Loiola.

PROVÁVEL ORIGEM JESUÍTA

A s recentes pesquisas arqueológicas realizadas no local detectaram uma estrutura quadrangular muito antiga de grossas paredes de pedra rejuntada com barro, à maneira das construções jesuítas, sob os alicerces da casa lateralmente construída à Capela de São Sebastião. Na vizinhança havia um trecho de calçamento de largas pedras no antigo “Caminho da Fonte’. Estes achados reforçam a tese da existência de orago anterior e a existência de outras edificações vetustas no sítio outrora conhecido como Alto de São Sebastião. Vale bem lembrar que o núcleo do Barro Branco era parte da Fazenda Santana da Companhia de Jesus. Pelo bom clima existente neste ponto da serra da Cantareira, ali sediaram os jesuítas uma enfermaria ou abrigo para tuberculosos, de acordo com informações transmitidas oralmente pelo saudoso cel. Reginaldo Miranda, pesquisador e historiador que trabalhou no quartel da PM da rua Alfredo Pujol, antiga sede da Fazenda, membro do Instituto Histórico e Geográfico de São Paulo, ao autor deste relato. A pesquisa mais recente aponta para uma possível ação do venerando Padre Anchieta como artífice deste ambulatório e orago. Veio ao Brasil em busca de melhor clima para curar sua doença. Foi o grande articulador da campanha dos Tamoios de 1.567. Várias fontes historiográficas sinalizam que “o próprio São Sebastião fora visto lutando ao lado de Portugueses e Tupinambás contra os Franceses”. In (Dicionário do Folclore Brasileiro, Câmara Cascudo, Verbete São Sebastião).

FORÇA PÚBLICA

A história da Capela de São Sebastião está também intimamente ligada à da Academia da Polícia Militar e à Força Pública do Estado de São Paulo. 

Consta que o Cel. Joviniano Brandão morou ao lado e cuidou da Capela. A teria reformado em 1926, em pagamento de promessa, após perder vários homens em sua perseguição à Coluna Prestes. 

O cel. Washington Luis Brandão, filho do comandante Joviniano, cujo nome se deve a homenagem prestada ao amigo Washington Luis de Sousa por seu pai, manteve a promessa paterna de preservar a Capela, por mais de 50 anos. A última missa foi celebrada no início dos anos 50 quando um incêndio marcou o fim das celebrações que ali eram realizadas com uma certa regularidade. 

Várias procissões, quermesses e celebrações foram autorizadas pela Igreja Católica, como atestam os vários registros documentais existentes na Mitra Diocesana. As festas ali promovidas ficaram famosas tendo a acorrida de paulistanos de bairros elegantes como Higienópolis, nos anos iniciais do século XX. As imagens, sino, crucifixo e paramentos interiores estão todos guardados ainda na posse do cel. Washington Luis Brandão.

Com o falecimento do cel. Joviniano e o passar dos anos a Capela entrou em franco declínio. Embora sempre presente na memória dos moradores da Zona Norte de São Paulo pelo fatos significativos que presenciou ao longo de sua história, o peso dos anos e a falta de manutenção a levou a ruína.

Uma certidão de doação lavrada no primeiro Tabelião de Notas da Comarca de São Paulo e datada de 1894, doou o terreno da Capela à Igreja, pelos seus proprietários de então, havendo sido pagos todos os impostos. Esta doação antecede à promulgação do Código Civil de 1916, motivo pelo qual não veio a constar de nenhum registro cartorial de imóveis à época. 

Por razões desconhecidas a Cúria não se interessou efetivamente pela Capela após esta doação. Talvez por desinteresse, quiçá pelas guerras civis, estando o pequeno templo sob amparo das forças armadas de São Paulo ao lado de seu comandante ao menos no episódio de 1930.