Um grande movimento cívico, religioso e cultural tomou corpo à partir de 1999 pleiteando o tombamento e a reconstrução do templo cristão, marco da história e memória de São Paulo. 

Abaixo-assinados, procissões, missa campal, manifestações, audiências publicas foram realizados pelo povo, buscando o reavivamento religioso e cultural da Capela de São Sebastião. Estas ações repercutiram sonoramente na imprensa, tendo TV Globo feito várias reportagens no local.

A estrutura da Capela, na forma em que estava, semi-arruinada, fazia lembrar a imagem tradicional de São Sebastião, padroeiro dos soldados e indígenas, atado a um tronco de árvore e ferido por várias flechas. A Capela representando o mártir. A árvore que nasceu e se desenvolveu dentro dela, o “tronco”; e as madeiras que a suportavam as “flechas”. São Sebastião sobreviveu ao martírio, morrendo posteriormente, por outro suplício, em volta do ano de 238

Corria em junho de 2001 processo de tombamento pelo CONDEPHAAT, órgão de preservação de monumentos do Estado de São Paulo. De forma sumária arquivou subitamente, em julho do mesmo ano, o processo, alegando que o município já procedia com trâmite  análogo pelo CONPRESP.

Havendo sido o terreno “vendido”, a Capela de São Sebastião do Barro Branco foi cruelmente demolida pelos adquirentes em 14 julho de 2001, dia em que se comemora a Queda da Bastilha, à revelia de mais de 200.000 moradores da Zona Norte de São Paulo que protestaram veementemente e realizam campanha cívica pela sua reconstrução. Boletim de ocorrência policial foi lavrado. Um telegrama foi enviado à Sua Santidade o Papa João Paulo II. 

O Conselho Comunitário Santana Tucuruvi ingressou com ação civil pública contra a demolição, pelo seu erguimento e tombamento definitivo. O Ministério Público Estadual e a Prefeitura embargaram a obra. Os demolidores desejam construir uma agência bancária no local. A municipalidade prevê, desde os anos setenta uma desapropriação municipal para o alargamento da av. Água Fria, diga-se de passagem. 

Um levantamento arqueológico foi iniciado o que resultou no importante achado mencionado. Uma solicitação de tombamento e declaração de “sítio arqueológico” foi requerida ao IPHAN  e ao sr. Ministro da Cultura, pessoalmente.